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飛行機が上昇したり下降したりすると、気圧の変化が起こります。そのため、虫歯や治療中の歯の中に含まれている空気が膨張したり、収縮したりして歯が痛くなることがあります。このような場合はそのまま放置せず、到着してからすみやかに歯科医を受診したほうがよいでしょう。飛行中に激しい痛みが発生したときは、客室乗務員にお伝えすれば鎮痛剤がもらえます。

飛行機に乗る前に虫歯は治療しておくことが大切です。

※JALホームページより引用

他、飛行中の様々な症状についてJALホームページにまとめてありますので、参考にしてください。